A Closer klipje önmagában is külön fejezetet érdemel, és sokak szerint ez a videó tette Reznort igazán ismertté, sőt, a kilencvenes évek egyik legmeghatározóbb vizuális alkotásává. A rendező, Mark Romanek addigra már befutott klipes volt: olyan dalokhoz forgatott videót, mint Lenny Kravitz Are You Gonna Go My Way, Madonna Rain vagy David Bowie Jump They Say című száma. Gyerekként Kubrick 2001: Űrodisszeiája indította el a pályán, és ez a filmes igényesség a Closeren is végig érződik.
Romanek alapötlete az volt, hogy a kép úgy hasson, mint egy régi, véletlenül előkerült filmtekercs, valami, amit valaki egy szekrény mélyén talált. Saját bevallása szerint ez nehéz döntés volt, hiszen szokatlanul réginek kinéző képeket akart egy nagyon is modern hangzású dal alá. Ennek érdekében egy 1919-es, kézi hajtású kamerával forgattak, ráadásul szándékosan lejárt filmszalagra, amelyet utólag cigarettával és aeroszolos lakkal koptattak, hogy öregnek és sérültnek tűnjön. A helyszín egy elhagyott Los Angeles-i kórház volt, ami megadta a klip beteg, tizenkilencedik századi laboratóriumi hangulatát.
A képi világ egész sor képzőművészeti utalásból épült fel. A legtöbbet emlegetett hatás Joel-Peter Witkin viktoriánus, orvosi hangulatú fotográfiája, bár Romanek később kifejezetten tiltakozott az ellen, hogy a klipet egyszerű Witkin-másolatnak bélyegezzék, mondván, a hozzá fűződő utalások valójában kevések. Ott van emellett Francis Bacon Figure with Meat című festménye a húsdarabok jelenetében, Man Ray fotói, Giorgio de Chirico bábuszerű alakjai és a Brothers Quay Street of Crocodiles című bábfilmje. A lebegő jeleneteket Romanek két egészen más forrásból merítette: a 2001: Űrodisszeiából és, saját humoros vallomása szerint, a Mary Poppinsból.
A konkrét képek máig emlékezetesek. Egy mechanikus szív a dal ritmusára ver, amelyet a hatáseffektek mestere, Screaming Mad George épített (ugyanő tervezte később a Slipknot maszkjait), és a működtetéséhez három ember kellett, akik fújtatták, pumpálták és freongázzal permetezték. Egy rhesusmajom keresztre kötözve, mellette egy Jack Nicholson-fotó. Egy forgó vaskaróra tűzött, valódi disznófej, amelynek bűze annyira elviselhetetlen volt, hogy a stáb Old Spice-szal locsolt szűrőmaszkokban dolgozott. És maga Reznor, megkötözve, drótokon lógva, akinek a sminkje négy órát vett igénybe, és aki ettől magát csak „Football Head”-nek hívta. Az operatőr a később Fincher és Gus Van Sant filmjeiről ismert Harris Savides volt, a stáb pedig csupa gyakorlati effektussal dolgozott, mindenféle számítógépes trükk nélkül.
Reznor a kezdetektől hajthatatlan volt. Amikor felmerült, hogy forgassanak egy tisztább, MTV-barát változatot is, elutasította, mondván, csinálják meg a saját verziójukat, és ha az MTV nem adja le, az az MTV baja. Az MTV végül erősen vágott a klipen: a kifogásolt jeleneteket „SCENE MISSING” feliratú kártyákra cserélte, amelyeket a NIN logójával láttak el, így a cenzúra szinte a videó saját stílusának részévé vált. Más jeleneteket elmosott vagy beszűkített, a profán szövegrésznél pedig megfagyasztotta a képet, mintha a film hibásodott volna meg. A paradoxon az, hogy ettől a klip csak ismertebb lett, és a cenzúrázott változat is az 1994-es és 1995-ös év egyik legtöbbet játszott videója maradt. A teljes, vágatlan verzió eközben éjszakai csatornákon ment, később pedig a Closure című 1997-es videógyűjteményen jelent meg.
Az utóélete önmagáért beszél. A cenzúrázatlan változat ma a New York-i Modern Művészetek Múzeumának (MoMA) állandó gyűjteményében van, ami Romaneknek csak két klipje esetében adatott meg. 2006-ban a VH1 Classic nézői minden idők legjobb videóklipjének választották, a szakmai MVPA-díjátadón pedig öt kategóriában győzött. Talán a legszebb visszajelzést maga Reznor adta: szerinte a legritkább dolog történt, a dalt jobbnak hallotta, miután a képekkel együtt látta, pedig az a saját száma volt.
